OpenMPI安装
包安装
使用以下命令安装OpenMPI
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sudo apt-get update
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-common libopenmpi-dev
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验证是否安装正确
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which mpicc
which mpiexec
mpicc --version
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创建一个名为mpi_hello的示例测试程序
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cd ~
mkdir mpi_program
cd mpi_program
vim mpi_hello.c
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创建C语言文件mpi_hello.c，并将以下代码粘贴到文件中：程序在每个MPI进程中打印“Hello from rank x of y”信息，其中x是进程的排名，y是进程的总数
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#include <mpi/mpi.h>
#include <stdio.h>
int main(int argc, char** argv) {
MPI_Init(NULL, NULL);
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
printf("Hello from rank %d of %d\n", world_rank, world_size);
MPI_Finalize();
}
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保存并退出文件编辑器，然后编译示例程序
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mpicc -o mpi_hello mpi_hello.c
mpirun -np 4 ./mpi_hello
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源码安装
暂缺
配置SSH免密
配置主机列表，让集群中的每台服务器彼此之间都知道对方的主机名和IP地址
Node1填写本机与Node2
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127.0.0.1 node1
192.168.207.129 node2
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Node2填写本机与Node1
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192.168.207.128 node1
127.0.0.1 node2
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各节点生成秘钥对
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ssh-keygen -t rsa -N "" -f ~/.ssh/id_rsa
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各节点遍历各节点进行密钥对的拷贝
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ssh-copy-id hedwig@node1
ssh-copy-id hedwig@node2
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各节点测试SSH免密是否正确
集群分布式
OpenMPI 通常会假定每个节点只有一个可用的进程槽，因此运行时只会启动一个 MPI 进程
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mpirun --host node1 ~/mpi_program/mpi_hello
mpirun --host node2 ~/mpi_program/mpi_hello
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因此需要设定程序使用的进程槽数量
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mpirun --host node1:4 ~/mpi_program/mpi_hello
mpirun --host node2:4 ~/mpi_program/mpi_hello
mpirun --host node1:4,node2:4 ~/mpi_program/mpi_hello
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也可以通过mpi_config_file设置进程槽的数量分配（只需要在Node1上操作）
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node1 slots=4
node2 slots=4
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mpirun --hostfile ~/mpi_program/mpi_config_file ~/mpi_program/mpi_hello
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NPB安装
NAS并行基准测试是一套针对高并行超级计算机性能评估的基准测试，NPB地址：https://www.nas.nasa.gov/software/npb.html
需要修改配置文件，将MPI相关的库路径置空，使自动链接到正确的库
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wget https://www.nas.nasa.gov/assets/npb/NPB3.3.1.tar.gz
tar -zxvf NPB3.3.1.tar.gz
cd NPB3.3.1/NPB3.3-MPI/config
cp make.def.template make.def
vim make.def
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32行：MPIF77 = mpif77
39行：FMPI_LIB =
78行：MPICC = mpicc
85行：CMPI_LIB =
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以IS为例，编译指令为 make IS（指定哪个程序）、CLASS=B（指定问题规模）、NPROCS=8(指定运行的处理器个数)，注意Node1和Node2上均需要编译，并保证目录一致
- S级：较小，用于快速测试
- W级：工作站大小（90年代的工作站；现在可能太小了）
- A，B，C级：标准测试问题； 从一个类到下一个类，大小增加约4倍
- D，E，F级：大型测试问题； 与之前的每个类相比，大小增加了约16倍
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cd ~/NPB3.3.1/NPB3.3-MPI/
make IS CLASS=A NPROCS=8
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单机运行测试
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cd bin/
mpirun ~/NPB3.3.1/NPB3.3-MPI/bin/is.A.8
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多机运行测试，只需在Node1上执行命令
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mpirun --hostfile ~/mpi_program/mpi_config_file ~/NPB3.3.1/NPB3.3-MPI/bin/is.A.8
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